单细胞测序

服务介绍

       单细胞转录组测序是指通过含有polyT的寡核苷酸捕获单个细胞中的mRNA，在单细胞水平解读转录组信息。与单纯的RNA-seq不同的是，单细胞转录组测序能够揭示每个细胞被掩盖的特性。随着生物技术的创新，单细胞测序技术从一开始的高成本低通量，到现在的低成本高通量，单次可捕获高达10000个细胞。可用于细胞类型分析，免疫学研究，干细胞研究，细胞间异质性分析，发育生物学研究等。

BD Rhapsody（基于microwell的原理）

平台优势 

l更低成本：靶向基因检测，避免看家基因占用的大量测序数据，大大节省了测序和分析成本；

l罕见转录本更高检出率：靶向定制panel，选定特定基因组合，提高UMI计数效率，罕见转录本检测阈值更低；

l超高细胞捕获效率：高达79%，远高于市场上目前所有大通量单细胞转录组测序技术；

l克服PCR扩增偏差：引入单细胞测序金标准，BD分子标签，降低非特异性表达；

l实现更高的分辨率：可以分辨更精细、微观的细胞群和细胞亚种群；

l反转录的磁珠超长稳定存储：完整cDNA可在磁珠微球结构保存长达16周，随用随取；

l灵活分样组合：单次实验，AbSeq kit其通过独特的抗体标记的方法，既可以提高样品通量（最多可12个样本同时建库，可等分，可随机组合）；又可以同时进行单细胞蛋白和转录组联合检测，大大降低成本的同时，也为单细胞多组学研究提供了更高效的平台。

技术路线

单细胞研究技生物信息分析展示

样本要求

l总量> 104目标细胞个数（最少10,000个细胞）

l浓度500-1,000个/uL

l细胞间无粘连（成团率<5%）

l无大于40um的细胞碎片或其他颗粒物

l细胞成活率应大于80%（台盼蓝染色检测）

l不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子

常规项目周期

45-50个工作日

参考文献

1.Aizarani, N. et al. A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors. Nature 572, 199-204, doi:10.1038/s41586-019-1373-2 (2019).

2.Birey, F. et al. Assembly of functionally integrated human forebrain spheroids. Nature 545, 54-59, doi:10.1038/nature22330 (2017).

3.Fan, H. C., Fu, G. K. & Fodor, S. P. Expression profiling. Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry. Science 347, 1258367, doi:10.1126/science.1258367 (2015).

4.Azizi, E. et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell 174, 1293-1308 e1236, doi:10.1016/j.cell.2018.05.060 (2018).

5.Zheng, C. et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell 169, 1342-1356 e1316, doi:10.1016/j.cell.2017.05.035 (2017).

6.Young, M. D. et al. Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors. Science 361, 594-599, doi:10.1126/science.aat1699 (2018)